1. Giai đoạn sơ nhiễm (còn gọi là giai đoạn nhiễm cấp). Hầu hết người bị lây nhiễm HIV không biết mình bị lây nhiễm. Sau khi nhiễm HIV khoảng 2-8 tuần, người bị lây nhiễm xuất hiện các triệu chứng như sốt, vã mồ hôi, mệt mỏi, nhức đầu, đau cơ khớp, viêm họng, hạch cổ, hạch nách sưng to, phát ban dạng sởi, ngứa ngoài da. Ngoài ra, có thể xuất hiện các bệnh lí thần kinh như viêm màng não, viêm não… Các triệu chứng của giai đoạn này hoàn toàn biến mất sau 8-10 ngày. Sau các biểu hiện sơ nhiễm (có hoặc không có triệu chứng) khoảng 6-12 tuần thì xét nghiệm máu có thể phát hiện thấy kháng thể chống HIV trong huyết thanh.

2. Giai đoạn nhiễm HIV không triệu chứng. Thời gian này có thể kéo dài từ 10-12 năm, người nhiễm HIV trong máu nhưng không có biểu hiện lâm sàng. Những người này có vẻ ngoài khỏe mạnh bình thường, xét nghiệm máu có thể thấy kháng thể kháng HIV (trừ thời gian đầu từ vài tuần đến vài tháng xét nghiệm vẫn âm tính). Đó là thời kì "cửa sổ". Thời kì này có thể kéo dài tới 6 tháng. Tiến triển nhanh hay chậm tùy thuộc vào loại HIV và sức đề kháng của cơ thể: Nhiễm HIV-1 tiến triển nhanh hơn nhiễm HIV-2; trẻ dưới 5 tuổi và người trên 50 tuổi cũng tiến triển nhanh hơn.

3. Giai đoạn bệnh lí hạch kéo dài. Khoảng 1/3 người nhiễm HIV có hạch to nổi toàn thân, thường gặp ở 2 bẹn, vùng cổ, nách, dưới hàm… Các hạch có đặc điểm là đối xứng nhau.

4. Giai đoạn có hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải hay còn gọi giai đoạn nhiễm HIV chuyển thành AIDS. Giai đoạn này sức đề kháng của cơ thể giảm đi, người bệnh rất dễ mắc các bệnh nhiễm khuẩn như: lao, nhiễm khuẩn huyết, viêm phổi và nấm; sốt dai dẳng không rõ nguyên nhân, nhiều người bị tiêu chảy mạn tính kèm theo sút cân. Khi vào giai đoạn AIDS tiến triển hay còn gọi là giai đoạn cuối, tình trạng suy giảm miễn dịch nặng, sẽ xuất hiện các nhiễm khuẩn cơ hội khác như viêm màng não, một số khối u (như Sarcoma Kaposi). Bệnh nhân sẽ tử vong trong vòng từ 1-2 năm.