+ Buồn nôn: hay gặp khi dùng các thuốc: zidovudin (ZDV), stavudin (d4T); didanosin (ddI); abacavir (ABC); tenofovir (TDF); indinavir (IDV); saquinavir (SQV); lopinavir (LPV); ritonavir (RTV). Để hạn chế tác dụng phụ này, có thể cho uống thuốc trong bữa ăn. Tuy nhiên, IDV và ddI không nên dùng trong bữa ăn vì ảnh hưởng tới hấp thu và chuyển hóa thuốc.

+ Tiêu chảy: thường gặp khi dùng các thuốc: TDF, SQV, LPV, RTV. Khi bị tiêu chảy cần bù nước điện giải đầy đủ bằng đường uống (oresol) hoặc đường truyền nếu nặng. Có thể phải dùng các thuốc chống tiêu chảy để hạn chế tiêu chảy tạm thời.

+ Đau đầu: có thể gặp khi trong phác đồ điều trị có các loại thuốc như: ZDV, lamivudin (3TC), IDV, SQV, LPV. Có thể dùng thuốc giảm đau thông thường như paracetamol để giảm bớt đau đầu cho người bệnh

+ Đau bụng, khó chịu ở bụng: thường gặp khi dùng các loại thuốc sau: ddI, ABC, SQV cần theo dõi kỹ, nếu đau liên tục cần tới cơ sở y tế nơi cấp thuốc để được hướng dẫn thêm, thậm chí phải thay thế thuốc khác hoặc đổi phác đồ.

+ Nổi ban đỏ, ngứa: các loại thuốc như ddI, 3TC, ABC, EFV, NVP, LPV có thể gây dị ứng. Nhẹ thì có biểu hiện ban đỏ rải rác, ngứa... hết khi điều trị bằng kháng histamin; nhưng cũng có thể bị dị ứng nặng như hội chứng Stevens Johnson, Lyell có thể đe dọa tính mạng (có thể gặp khi dùng các thuốc: EFV, NVP). Khi bị dị ứng thuốc nặng cần ngừng thuốc ngay và điều trị tích cực tại các trung tâm y tế có đủ điều kiện.

+ Rối loạn giấc ngủ, ác mộng: hay gặp biểu hiện này khi dùng các thuốc sau: EFV, 3TC. Nên dùng vào buổi tối, trước khi đi ngủ. Các triệu chứng này thường không kéo dài. Có thể dùng các loại thuốc an thần, thuốc hỗ trợ để ngủ tốt hơn.

* Một số độc tính, tác dụng phụ khác của thuốc ARV có thể gặp khi điều trị:

+ Bệnh lý thần kinh ngoại vi: biểu hiện rối loạn cảm giác ngoại vi, chủ yếu đầu chi, đi lại khó khăn. Thường gặp khi dùng d4T, ddI, các thuốc kháng retroviruss non-nucleosid. Cần dùng vitamin B liều cao, nếu nặng phải thay thế thuốc.

+ Viêm tụy: gặp khi dùng ddI, d4T. Cần dừng ngay thuốc và thay bằng ZDV.

+ Phân bố lại mỡ: khi dùng ddI, thuốc ức chế proteases. Biểu hiện tăng tích tụ mỡ ở ngực, bụng, lưng, gáy; teo mô mỡ ở cánh tay, cẳng chân, mông, má.

+ Độc cho gan: NPV, EFV, ZDV và thuốc ức chế proteases rất độc với gan, gây hủy hoại tế bào gan, tăng men gan. Cần ngừng thuốc nếu có tăng men gan gấp 5 lần bình thường.

+ Độc với thần kinh trung ương: EFV biểu hiện lẫn lộn, rối loạn tâm thần, trầm cảm. Cần dừng và thay thế thuốc khi bệnh nhân có vấn đề về tâm thần kinh.

* Các  phác đồ điều trị ARV hàng đầu:

+ Phác đồ ưu tiên: d4T + 3TC + NVP

+ Các phác đồ thay thế:

- Phác đồ: d4T + 3TC + EFV

- Phác đồ: ZDV + 3TC + NVP

- Phác đồ: ZDV + 3TC + EFV